| Name | Area | Greatest depth | Average depth | Length of shoreline | Location
| Notes | Image | Coordinates |
| Lake Aabra | | | | | | | | |
| Lake Aardla | | | | | | | | |
| Aastejärv | 10.6 | 1 | | | Saaremaa, Saare | | | |
| Lake Aeli | 9.9 | | | | | | | |
| Lake Agali | | | | | | | | |
| Lake Agusalu | 2.7 | | | | | | | |
| Aheru | | | | | | | | |
| Ähijärv | | | | | | | | |
| Küti Ahijärv | 1.3 | | | | | | | |
| Ahtriskeloik | 4.1 | | | 1182 km | Saare County, Saaremaa Parish | | | |
| Ahvenajärv | 0.9 | 11 | | | Harju, Anija | | | |
| Päidla Ahvenjärv | 5.6 | 5.1 | | 1030 | Valga, Otepää | Päidla Lake District | | |
| Ainja Sinejärv | | | | | | | | |
| Aknajärv | | | | | | | | |
| Akste | | | | | | | | |
| Lake Alatskivi | | | | | | | | |
| Alatskivi | | | | | | | | |
| Prandi Allikajärv | 1.0 | | | | | | | |
| Alopi | | | | | | | | |
| Andsu Lakes | | | | | | | | |
| Ansiauk | | | | | | | | |
| Äntu Lakes | | | | | | | | |
| Lake Arbi | | | | | | | | |
| Arojärv | | | | | | | | |
| Auksi | | | | | | | | |
| Lake Eistvere | | | | | | | | |
| Lake Engli | | | | | | | | |
| Lake Elistvere | | | | | | | | |
| Lake Erastvere | | | | | | | | |
| Erastvere | | | | | | | | |
| Lake Ermistu | 456.2 | 2.9 | 1.3 | 19,545 | | | | |
| Harju Bay | | | | | Saare County | Earlier was a bay | | |
| Lake Harku | | | | | | | | |
| Lake Hilba | | | | | | | | |
| Lake Hino | | | | | | | | |
| Hüüdru | | | | | | | | |
| Illi Lakes | | | | | | | | |
| Lake Imatu | | | | | | | | |
| Imatu | | | | | | | | |
| Lake Jaala | | | | | | | | |
| Jaala | | | | | | | | |
| Lake Jalase | 2.5 | | | | | | | |
| Janokjärv | | | | | | | | |
| Lake Järvepää | | | | | | | | |
| Järvepää | | | | | | | | |
| Jõksi | | | | | | | | |
| Kahrila | | | | | | | | |
| Lake Kadastiku | 7.2 | | | | | | | |
| Lake Kahala | 345.6 | 2.8 | 0.9 | 8,727 | | | | |
| Kajumeri | | | | | | | | |
| Kakerdi | | | | | | | | |
| Kalijärv | | | | | | | | |
| Lake Kalli | | | | | | | | |
| Kalmejärv | 3.0 | 3.0 | | 450 | Valga, Otepää | Päidla Lake District | | |
| Kanariku | | | | | Võru County, Võru Parish | | | |
| Kappelkärre | | | | | | | | |
| Karijärv | | | | | | | | |
| Karjatse Sea | | | | | | | | |
| Kärnjärv | | | | | | | | |
| Lake Karsna | | | | | | | | |
| Karujärv | 345.6 | 5.5 | 1.6 | | | | | |
| Lake Karula | 22.1 | | | | | | | |
| Kasaritsa verijärv | | | | | | | | |
| Lake Käsmu | | | | | | | | |
| Kastjärv | | | | | | | | |
| Kaunissaare Reservoir | | | | | | | | |
| Lake Kauru | | | | | | | | |
| Lake Kavadi | | | | | | | | |
| Keema Lakes | | | | | | | | |
| Lake Keeri | | | | | | | | |
| Kiidjärv | | | | | | | | |
| Kikkajärv | | | | | | | | |
| Lake Kirikumäe | | | | | | | | |
| Kirikumäe | | | | | | | | |
| Lake Kiruvere | | | | | | | | |
| Kisejärv | | | | | | | | |
| Kisejärve Lakes | | | | | | | | |
| Kivijärv (Kivijärve) | | | | | | | | |
| Kivijärv (Osula) | | | | | | | | |
| Kivijärv (Palumäe) | | | | | | | | |
| Kivijärv (Pillapalu) | | | | | | | | |
| Kivijärv (Rahtla) | | | | | | | | |
| Kivijärv (Uibujärve) | | | | | | | | |
| Lake Klooga | | | | | | | | |
| Klooga | | | | | | | | |
| Kõnnu Pikkjärv | | | | | | | | |
| Konsu järv | | | | | | | | |
| Lake Koolma | 6.4 | | | | | | | |
| Lake Koosa | | | | | | | | |
| Koosa | | | | | | | | |
| Kõvvõrjärv | | | | | | | | |
| Krokatstaindappen | | | | | | | | |
| Kubija | | | | | | | | |
| Küläjärv | | | | | | | | |
| Lake Kuningvere | 24.5 | | | | | | | |
| Lake Kuremaa | 399.6 | 13.8 | 5.9 | | | | | |
| Kurgjärv | | | | | | | | |
| Kurtna Valgejärv | 8.6 | | | | | part of Kurtna Lake District | | |
| Päidla Kõverjärv | 6.1 | 5.7 | | 1300 | Valga, Otepää | Päidla Lake District | | |
| Lake Küti | | | | | | | | |
| Lahojärv | | | | | | | | |
| Lake Peipus | | | | | | | | |
| Lämmijärv | | | | | | | | |
| Lake Lasva | | | | | | | | |
| Lasva | | | | | | | | |
| Laukasoo Suurlaugas | 4 | | | | Lääne-Viru | | | |
| Lake Lavassaare | | | | | | | | |
| Lavassaare | | | | | | | | |
| Leevaku paisjärv | | | | | | | | |
| Leigo | | | | | | | | |
| Lihlhamne | 4.8 | | | | Lääne | | | |
| Liinjärv | | | | | | | | |
| Lake Limu | 19.8 | | | | | | | |
| Linajärv | 4.2 | | | | | | | |
| Linnulaht | | | | | Saare | Earlier was a bay | | |
| Lake Lohja | | | | | | | | |
| Lõõdla | | | | | | | | |
| Lake Loosu | | | | | | | | |
| Luigetiik | | | | | | | | |
| Lüübnitsa umbjärv | | | | | | | | |
| Lake Maardu | | | | | | | | |
| Maardu | | | | | | | | |
| Lake Männiku | | | | | | | | |
| Lake Martiska | 3.0 | | | | | | | |
| Lake Meelva | | | | | | | | |
| Möldri Sea | | | | | | | | |
| Päidla Mõisajärv | 15.3 | 6.8 | 4.2 | 1700 | Valga, Otepää | Päidla Lake District | | |
| Mõrtsuka | 23.8 | 5.4 | 3.7 | 2950 | Valga, Otepää | Päidla Lake District | | |
| Päidla Mudajärv | 1.2 | | | 416 | Valga, Otepää | Päidla Lake District | | |
| Mullutu-Suurlaht | 412.7 | 1.7 | 0.9 | | | | | |
| Lake Murati | | | | | | | | |
| Murati | | | | | | | | |
| Must-Jaala | 1.1 | | | | Ida-Viru | | | |
| Narva Reservoir | 10,226.8 | 9.0 | 1.9 | 209,484 | | | | |
| Neitsijärv | | | | | | | | |
| Lake Nigula | | | | | | | | |
| Nikejärv | 4.0 | | | | | | | |
| Lake Niinsaare | | | | | | | | |
| Little Lake Niinsaare | 0.6 | | | | Ida-Viru | | | |
| Noodasjärv | | | | | | | | |
| Nootjärv | | | | | | | | |
| Lake Nõuni | 81.7 | 14.7 | 6.1 | 5800 | Valga, Otepää | Largest lake of the Päidla Lake District | | |
| Väike-Nõuni | 6.3 | 7 | | 1025 | Valga, Otepää | Päidla Lake District | | |
| Näkijärv | 11.7 | 4.3 | 3 | 1420 | Valga, Otepää | Päidla Lake District | | |
| Nüpli | | | | | | | | |
| Lake Nurme | 20.5 | | | | | | | |
| Lake Oandu | 3.5 | | | | | | | |
| Oessaare Bay | | | | | | formerly a bay | | |
| Lake Pabra | | | | | | | | |
| Paide Reservoir | | | | | | | | |
| Lake Paidra | | | | | | | | |
| Paidra | | | | | | | | |
| Little Lake Palkna | | | | | | | | |
| Lake Palujüri | | | | | | | | |
| Lake Pangodi | | | | | | | | |
| Pannjärv | | | | | | | | |
| Pappjärv | | | | | | | | |
| Paukjärv | | | | | | | | |
| Paunküla Reservoir | 415.8 | 8.7 | 3,4 | | | | | |
| Big Pehmejärv | | | | | | | | |
| Peipus | 351,144.9 | 17.6 | 8.0 | 788,410 | | | | |
| Pesujärv | | | | | | | | |
| Petajärv | 3.5 | | | | | | | |
| Lake Piigandi | | | | | | | | |
| Pillapalu Kivijärv | 8.6 | | | | | | | |
| Pskov | | | | | | | | |
| Piirakajärv | | | | | | | | |
| Lake Pille | | | | | | | | |
| Lake Poogandi | | | | | | | | |
| Lake Porkuni | | | | | | | | |
| Porkuni | | | | | | | | |
| Puide Reservoir | | | | | | | | |
| Punane | 0.2 | | | | Ida-Viru | | | |
| Lake Prossa | | | | | | | | |
| Pühajärv | 290.7 | 8.5 | 4.3 | 16,332 | Valga, Otepää | | | |
| Lake Pulli | | | | | | | | |
| Purgatsi | 4.7 | | | | Harju | | | |
| Lake Raadi | | | | | | | | |
| Rääkjärv | | | | | | | | |
| Lake Räätsma | | | | | | | | |
| Räbi | 9.5 | 5 | | 1577 | Valga, Otepää | Päidla Lake District | | |
| Lake Raku | | | | | | | | |
| Lake Raigastvere | | | | | | | | |
| Raigastvere | | | | | | | | |
| Räpina paisjärv | | | | | | | | |
| Ratasjärv | | | | | | | | |
| Lake Ratva | | | | | | | | |
| Ratva | | | | | | | | |
| Riisipere Valgejärv | 10.9 | | | | Harju | part of Valgejärve Landscape Conservation Area | | |
| Riiska | 4.3 | | | | Valga | | | |
| Ropka | 8.5 | | | | | | | |
| Lake Roosna | 2.9 | | | | | | | |
| Saadjärv | 724.5 | 25.0 | 8.0 | 19,362 | | | | |
| Lake Saare | 27.0 | | | | | | | |
| Selgjärv | | | | | | | | |
| Šnelli tiik | | | | | | | | |
| Soitsjärv | | | | | | | | |
| Lake Soka | 21.5 | | | | | | | |
| Sõmerpalu paisjärv | | | | | | | | |
| Supilinna pond | | | | | | | | |
| Sutlepa meri | | | | | | | | |
| Suurjärv | | | | | | | | |
| Suur-Kikkajärv | | | | | | | | |
| Suurlaht | 531.0 | 2.1 | 1.2 | 16,173 | | | | |
| Suur Saarjärv | 10.9 | | | | | | | |
| Lake Tabina | | | | | | | | |
| Tabina | | | | | | | | |
| Lake Tamula | | | | | | | | |
| Tamula | | | | | | | | |
| Lake Tihu | | | | | | | | |
| Lake Tikste | 1.7 | | | | | | | |
| Lake Toku | 1.3 | | | | | | | |
| Lake Tõhela | 338.5 | 1.5 | 1.3 | | | | | |
| Lake Tõlinõmme | 6.5 | | | | | | | |
| Lake Tooma | | | | | | | | |
| Lake Tsäpsi | | | | | | | | |
| Lake Tsopa | | | | | | | | |
| Lake Tudu | | | | | | | | |
| Ubajärv | | | | | | | | |
| Uhtjärv | | | | | | | | |
| Päidla Uibojärv | 2.2 | 4.6 | | 675 | Valga, Otepää | Päidla Lake District | | |
| Lake Ülemiste | 940.9 | 4.2 | 2.5 | 15,219 | | | | |
| Lake Uljaste | | | | | | | | |
| Umbjärv (Meeksi) | | | | | | | | |
| Üvvärjärv | | | | | | | | |
| Lake Vagula | 602.8 | 11.5 | 5.3 | 17,838 | | | | |
| Vähajärv | | | | | | | | |
| Neeruti Vahejärv | 5.9 | | | | | | | |
| Nelijärve Vahejärv | 3.4 | | | | | | | |
| Lake Vahtsõkivi | 69.5 | 4.6 | | | Võru County, Antsla Parish | artificial | | |
| Väike-Aavoja Reservoir | 5.5 | | | | | part of Aavoja | | |
| Päidla Väikejärv | 2.8 | | | 600 | Valga, Otepää | Päidla Lake District | | |
| Väike Karujärv | | | | | | | | |
| Vaikne | | | | | | | | |
| Väimela Alajärv | | | | | | | | |
| Väimela Mäejärv | | | | | | | | |
| Väinjärv | | | | | | | | |
| Valgjärv (Jeti) | 44.1 | | | | | | | |
| Valgjärv (Kose) | | | | | | | | |
| Valgjärv (Rõuge) | | | | | | | | |
| Valgjärv (Valgjärve) | 60.0 | | | | | | | |
| Valgõjärv | 6.3 | | | | | | | |
| Vällämäe Küläjärv | | | | | | | | |
| Lake Vasavere | 41.5 | | | | | | | |
| Vaskjala Reservoir | | | | | | | | |
| Vaskna | | | | | | | | |
| Vasula | 8.5 | | | | | | | |
| Veisjärv | 481.1 | 4.0 | 1.3 | 9,047 | | | | |
| Lake Verevi | | | | | | | | |
| Veskijärv | | | | | | | | |
| Lake Viisjaagu | 23.0 | | | | | | | |
| Virtsiku | 2.1 | | | | Ida-Viru | | | |
| Viru Bog | | | | | | | | |
| Lake Viitina | | | | | | | | |
| Viitina | | | | | | | | |
| Viitina Alajärv | | | | | | | | |
| Lake Viitna | | | | | | | | |
| Viitna | | | | | | | | |
| Lake Viljandi | | | | | | | | |
| Viljandi | | | | | | | | |
| Lake Virtsiku | 2.1 | | | | | | | |
| Virtsjärv | 7.5 | | | | | | | |
| Lake Vissi | | | | | | | | |
| Võngjärv | | | | | | | | |
| Vöölameri | | | | | | | | |
| Võrtsjärv | 26,901.5 | 6.0 | 2.8 | 130,874 | | | | |