| Name | Level | State | Area | Created | Biome |
| Algodoal-Maiandeua | State | Pará | 2,378 | 1990 | |
| Anhatomirim | Federal | Santa Catarina | 4,437 | 1992 | Atlantic Forest |
| Baía de Camamu | State | Bahia | 118,000 | 2002 | Atlantic Forest |
| Bacia dos Frades | State | Rio de Janeiro | 7,500 | 1990 | Atlantic Forest |
| Bacia do Rio Macacu | State | Rio de Janeiro | 19,508 | 2002 | Atlantic Forest |
| Baixada Maranhense | State | Maranhão | 1,775,040 | 1991 | Amazon |
| Baixo Rio Branco | State | Roraima | 1,207,650 | 2006 | |
| Baleia Franca | Federal | Santa Catarina | 156,100 | 2000 | |
| Barra do Rio Mamanguape | Federal | Paraíba | 14,640 | 1993 | Coastal marine |
| Cabeceiras do Rio Cuiabá | State | Mato Grosso | 473,411 | 1999 | |
| Cairuçu | Federal | Rio de Janeiro | 32,610 | 1983 | Atlantic Forest |
| Cajati | State | São Paulo | 2,976 | 2008 | Atlantic Forest |
| Caminhos Ecológicos de Boa Esperança | State | Bahia | 230,296 | 2003 | Atlantic Forest |
| Campos do Jordão | State | São Paulo | 28,800 | 1984 | Atlantic Forest |
| Campos de Manicoré | Federal | Amazonas | 151,993 | 2016 | Amazon |
| Cananéia-Iguape-Peruíbe | Federal | São Paulo | 202,307 | 1984 | Atlantic Forest |
| Carste de Lagoa | Federal | Minas Gerais | 39,957 | 1990 | Cerrado |
| Caverna do Maroaga | State | Amazonas | 374,700 | 1990 | Amazon |
| Cavernas do Peruaçu | Federal | Minas Gerais | 143,354 | 1989 | Cerrado |
| Chapada do Araripe | Federal | Piauí Ceará Pernambuco | 1,063,000 | 1997 | |
| Chapada dos Guimarães | State | Mato Grosso | 251,848 | 1995 | |
| Costa das Algas | Federal | Espírito Santo | 112,545 | 2010 | Atlantic Forest |
| Costa dos Corais | Federal | Pernambuco Alagoas | 413,563 | 1997 | |
| Curiaú | State | Amapá | 23,000 | 1998 | |
| Delta do Parnaíba | Federal | Maranhão Piauí Ceará | 313,800 | 1996 | |
| Descoberto River Basin | Federal | Federal District | 41,064 | 1983 | Cerrado |
| Fazendinha | State | Amapá | 137 | 2004 | |
| Fernando de Noronha | Federal | Pernambuco | 93,000 | 1986 | Coastal marine |
| Fernão Dias | State | Minas Gerais | 180,073 | 1997 | Atlantic Forest |
| Floresta do Jacarandá | State | Rio de Janeiro | 2,700 | 1985 | Atlantic Forest |
| Foz do Rio Santa Teresa | State | Tocantins | 50,784 | 1997 | |
| Guajuma | State | Amazonas | 28,370 | 1989 | Amazon |
| Guapi-Guapiaçu | Municipal | Rio de Janeiro | 15,538 | 2004 | Atlantic Forest |
| Guapimirim | Federal | Rio de Janeiro | 13,926 | 1984 | Coastal marine |
| Guaraqueçaba | Federal | Paraná | 282,444 | 1985 | Atlantic Forest |
| Guaratuba | State | Paraná | 200,000 | 1992 | Atlantic Forest |
| Ibirapuitã | Federal | Rio Grande do Sul | 316,790 | 1992 | Pampas |
| Igarapé Gelado | Federal | Pará | 23,285 | 1989 | Amazon |
| Igarapé São Francisco | State | Acre | 30,000 | 2005 | |
| Ilha do Bananal / Cantão | State | Tocantins | 1,678,000 | 1997 | Amazon / Cerrado |
| Ilha do Combu | State | Pará | 1,500 | 1997 | |
| Ilha Comprida | State | São Paulo | 17,572 | 1987 | Atlantic Forest |
| Ilhas e Várzeas do Rio Paraná | Federal | São Paulo Paraná Mato Grosso do Sul | 1,003,060 | 1997 | |
| Itapiracó | State | Maranhão | 322 | 1997 | |
| Jalapão | State | Tocantins | 461,730 | 2000 | |
| Lago de Palmas | State | Tocantins | 50,370 | 1999 | |
| Lago de Peixe Angical | State | Tocantins | 78,874 | 2002 | |
| Lago de Santa Isabel | State | Tocantins | 18,608 | 2002 | |
| Lago de São Salvador etc. | State | Tocantins | 14,525 | 2002 | |
| Lago de Tucuruí | State | Pará | 568,667 | 2002 | |
| Lago do Amapá | State | Acre | 5,224 | 2005 | |
| Lagoa Encantada e Rio Almada | State | Bahia | 157,745 | 1993 | Atlantic Forest |
| Lagoa da Jansen | State | Maranhão | 196 | 1988 | |
| Leandro | State | Tocantins | 1,678,000 | 1997 | |
| Macaé de Cima | State | Rio de Janeiro | 35,037 | | Atlantic Forest |
| Mananciais do Rio Paraíba do Sul | Federal | São Paulo | 292,000 | 1982 | Atlantic Forest |
| Marajó Archipelago | State | Pará | 5,998,570 | 1989 | Coastal marine |
| Maravilha | Municipal | Rio de Janeiro | 1,700 | 2006 | Atlantic Forest |
| Meandros do Rio Araguaia | Federal | Tocantins Mato Grosso Goiás | 357,126 | 1998 | |
| Metropolitana de Belém | State | Pará | 7,500 | 1993 | |
| Morro da Pedreira | Federal | Minas Gerais | 131,769 | 1990 | Cerrado |
| Nascentes de Araguaína | State | Tocantins | 15,822 | 1999 | |
| Nascentes do Rio Paraguai | State | Mato Grosso | 77,743 | 2006 | |
| Nascentes do Rio Vermelho | Federal | Goiás | 176,159 | 2001 | |
| Nhamundá | State | Amazonas | 195,900 | 1990 | |
| Paraty Bay | Municipal | Rio de Janeiro | 5,642 | 1984 | Coastal Marine |
| Paytuna | State | Pará | 58,251 | 2001 | |
| Pé da Serra Azul | State | Mato Grosso | 7,980 | 1994 | |
| Petrópolis | Federal | Rio de Janeiro | 68,224 | 1982 | Atlantic Forest |
| Piaçabuçu | Federal | Alagoas | 9,106 | 1983 | Coastal marine |
| Planalto Central | Federal | Goiás Federal District | 504,608 | 2002 | |
| Planalto do Turvo | State | São Paulo | 2,722 | 2008 | Atlantic Forest |
| Quilombos do Médio Ribeira | State | São Paulo | 64,625 | 2008 | Atlantic Forest |
| Reentrâncias Maranhenses | State | Maranhão | 2,680,910 | 1991 | |
| Região de Maracanã | State | Maranhão | 1,831 | 1991 | |
| Rio da Casca | State | Mato Grosso | 39,250 | 1994 | |
| Rio Curiaú | State | Amapá | 21,676 | 1992 | Amazon |
| Rio Madeira | State | Rondônia | 5,554 | 1991 | Amazon |
| Rio Negro Left Bank | State | Amazonas | 611,008 | 1995 | Amazon |
| Rio Negro Right Bank | State | Amazonas | 461,741 | 1995 | Amazon |
| Rio Pardinho e Rio Vermelho | State | São Paulo | 3,235 | 2008 | Atlantic Forest |
| Rio Pardo | State | Rondônia | 144,417 | 2010 | |
| Rio Paraíba do Sul | Federal | São Paulo | | 1982 | |
| Rio São Pedro de Jaceruba | Municipal | Rio de Janeiro | 2,474 | | Atlantic Forest |
| Salto Magessi | State | Mato Grosso | 7,846 | 2002 | |
| Santa Rosa | State | Mato Grosso | 313,467 | 2013 | |
| São Bartolomeu River Basin | Federal | Federal District | 82,680 | 1983 | Cerrado |
| São Francisco Xavier | State | São Paulo | 11,559 | 2002 | Atlantic Forest |
| São Geraldo do Araguaia | State | Pará | 29,655 | 1996 | |
| São João/Mico-Leão-Dourado River Basin | Federal | Rio de Janeiro | 150,700 | 2002 | |
| Sapucaí Mirim | State | São Paulo | 39,800 | 1998 | Atlantic Forest |
| Serra Branca / Raso da Catarina | State | Bahia | 67,234 | 2001 | Caatinga |
| Serra da Ibiapaba | Federal | Piauí Ceará | 1,592,550 | 1996 | |
| Serra da Mantiqueira | Federal | Minas Gerais Rio de Janeiro São Paulo | 421,804 | 1982 | Atlantic Forest |
| Serra do Mar | State | São Paulo | 488,865 | 1984 | Atlantic Forest |
| Serra da Meruoca | Federal | Ceará | 608 | 2008 | |
| Serra de Tabatinga | Federal | Tocantins | 35,185 | 1990 | Cerrado |
| Serra do Lajeado | State | Tocantins | 121,416 | 1997 | |
| Serrinha do Alambari | Municipal | Rio de Janeiro | 5,760 | 1991 | Atlantic Forest |
| Suruí | Municipal | Rio de Janeiro | 14,146 | 2007 | Atlantic Forest |
| Tapajós | Federal | Pará | 2,039,581 | 2006 | |
| Triunfo do Xingu | State | Pará | 1,679,281 | 2006 | |
| Upaon-Açu/Miritiba/Alto Preguiças | State | Maranhão | 1,535,310 | 1992 | |