There are currently22 recognized species in this genus:Ctenogobius aestivaregiaCtenogobius boleosomaCtenogobius cervicosquamus H. L. Wu, Lu & Y. Ni, 1986Ctenogobius chengtuensisCtenogobius clarkiEvermann & T. H. Shaw, 1927Ctenogobius claytoniiCtenogobius fasciatusT. N. Gill, 1858Ctenogobius fukushimaiCtenogobius lepturusCtenogobius manglicolaCtenogobius phenacusCtenogobius pseudofasciatusCtenogobius saepepallensCtenogobius sagittulaCtenogobius shennongensis G. R. Yang & C. X. Xie, 1983Ctenogobius shufeldtiCtenogobius smaragdusCtenogobius stigmaticusCtenogobius stigmaturusCtenogobius szechuanensisCtenogobius thoropsisCtenogobius vexilliferFowler, 1937